Najnovije vesti i saveti

Šta su PCR testovi

PCR je bio metoda amplifikacije segmenata DNK, a kasnije je razvijena i verzija koja amplificira RNK. Svrha PCR jeste da se stvori dovoljno genetičke sekvence koja bi se mogla detektovati i analizirati.

Objavljeno: Jul 10, 2020
Šta su PCR testovi
PCR (pi-si-ar, prema pravilima spelovanja u engleskom jeziku) je akronim za Polymerase Chain Reaction, odnosno lančanu reakciju polimeraze, proceduru koju je 1983. razvio nobelovac Kary Mullis. Ovom metodom naučnici povećavaju broj – vrše amplifikaciju – određenih segmenata nukleinskih kiselina, odnosno naslednog materijala.

Naime, oba ova molekula – i DNK i RNK – predstavljaju nasledni materijal, s određenim razlikama u strukturi. Obično se DNK sastoji od dva lanca koji imaju različite smerove i uvijeni su u spiralu, a RNK ima 1 lanac, mada postoje i izuzeci, drugačiji molekuli. Zajednička „slova“ DNK i RNK su A (komponenta adenin, nukleinska baza po sastavu), G (nukleinska baza gvanin) i C (nukleinska baza citozin). Razlikuju se po tome što u DNK imamo slovo T (nukleinska baza timin), a kod RNK U (uracil). Redosled ovih „slova“ određuje redosled aminokiselina u lancu proteina, ali i kopiranje genetičke šifre.

Preventivne mere zaštite od koronavirusa


Problem je što virusi, za razliku od živih bića, mogu imati samo ili DNK ili RNK kao instrukciju za svoju replikaciju. Mi u našim ćelijama imamo i DNK i RNK, kao što ih imaju i ćelije ostalih živih bića – bakterija, gljiva, biljaka, ali virusi imaju samo ili DNK ili RNK. SARS-CoV-2 ima samo RNK.

Ne ulazeći u detalje izolacije naslednog materijala i ciklusa PCR te drugih principa na kojima se zasniva ova tehnika, treba skrenuti pažnju da je otkrivanje RNK virusa zasnovano na malo modifikovanoj PCR tehnologiji koju nazivamo RT-PCR, a što je skraćenica od Reverse transcription polymerase chain reaction tj. lančana reakcija polimeraze pomoću reverzne transkriptaze, jednog enzima koji RNK virusi koriste kada pretvaraju naše ćelije u „fabrike“ za proizvodnju svojih kopija. Ovu RT-PCR treba razlikovati od Real-time PCR, tehnike koja takođe ima skraćenicu RT-PCR, a predstavlja PCR u stvarnom vremenu.

Svi ovi termini, ako niste biološke, hemijske ili medicinske struke, mogu zvučati strašno i teško su prohodni laicima. Međutim, lakše je razumeti kada imate informaciju da se virusna RNK, da bi se virus kopirao u inficiranim stanicama, npr. čoveka, mora prepisati, „učitati“ na DNK čoveka, što je proces suprotan onome što se obično dešava – DNK se prepisuje na RNK da bi se proizvelo nešto što je kodirano nekim dijelom DNK (taj dio koji kodira zovemo gen). To nešto što se proizvode je protein, a različiti proteini imaju različite uloge u organizmu – neki grade ćelije, tkiva i prostore između ćelija, neki služe da ubrzavaju biohemijske reakcije u organizmu, neki „prenose poruke“.

Koronavirus: kako psihološki da sačuvate sebe


RT-PCR tehnologija oponaša ono što radi virus kada inficira stanicu – RNK se „upisuje“ u DNK reverzno. Mi jednostavno pretvaramo RNK u DNK, i to ne bilo koju nego u takozvanu komplementarnu DNK (eng. cDNA), koja je na neki način „odraz“ početnog RNK molekula, samo pisan suprotnim slovima genetičke abecede. U genetičkoj „abecedi“, stvaraju se parovi baza: adenin i timin, gvanin i citozin tj. citozin je „suprotan“ gvaninu, a adenin je „suprotan“ timinu. Na mestima gde je na RNK virusa bio citozin, na komplementarnoj DNK će biti gvanin.

Zatim se ta komplementarna DNK „dogradi“ da se stvori drugi deo lanca DNK molekula, koji je zapravo slika i prilika one naše početne RNK molekule. Onda amplificiramo tu DNK pomoću PCR tehnike i znamo šta se nalazi u uzorku. Jedino što umesto uracila, slova „U“, ova molekula ima timin, slovo „T“, ali to ne menja značenje poruke i naučnici će znati da je ta sekvenca ista. Najvažnije – ovo je metoda koja nam omogućava da detektujemo postojanje RNK u uzorku, a upravo ovo nam treba kako bismo dokazali postojanje virusa.

Kada imamo specifičnu RNK – genetički kod virusa poznat, onda možemo da ga koristimo kao referencu i uporedimo šta smo dobili metodom PCR s već poznatom sekvencom. Indirektno, dokazivajući postojanje RNK specifičnog virusa, dokazujemo i njegovo postojanje. Kineski naučnici su u januaru ove godine dešifrovali RNK virusa i ove podatke ostavili dostupnim drugim naučnicima.

Kako se uzima uzorak za PCR test?

Uzorak se može uzeti na različite načine, recimo nazofaringealnim brisom u kojem se uzorak uzima na zadnjoj strani nosa i grla, što znači pomalo neprijatno guranje alata za uzimanje brisa u nosnicu i to prilično duboko. Alat za uzimanje brisa je malo duži štapić sa vrhom prekrivenim vatom – kao duža verzija štapića za čišćenje ušiju.

Uzimanje uzorka se može raditi uzorkovanjem ispljuvka, sputuma. Američka FDA je sredinom aprila odobrila i uzimanje uzorka pljuvačke za detekciju SARS-CoV-2. Treba znati da i od mesta i načina uzimanja brisa zavisi njegova preciznost. Neki testovi iz Yale University School of Public Health pokazuju kako je čak uzorak pljuvačke senzitivniji i možda bolji pokazatelj, ali potrebno je još dokaza da se ovo pokaže kao tačno te da se ova metoda nastavi koristiti ili istisne nazofaringealni bris. Uzimanje nazofaringealnog brisa danas je preovlađujuća metoda za ovaj test.

PCR test se koristi iza detekciju virusa na površinama i u aerosolu, a ne samo u živim organizmima.

Za dobijanje rezultata PCR testa, što uključuje izolaciju virusa tj. izolaciju i ekstrakciju virusne RNK, te ciklus PCR mašine, potrebno je nekoliko sati (5-6), a rezultate testirana osoba dobija obično unutar 24h. Ciklusi PCR podrazumeva cikluse hlađenja i zagrevanja dobijene DNK molekule u kojima se ona razdvaja na dva lanca pri zagrevanju i ponovo spaja s dodatnim gradivnim komponentama pri hlađenju, stvarajući tako sve više i više molekula.

Koje su mane PCR testa?

Ovaj test pokazuje da li je neka osoba trenutno zaražena, ali samo pod određenim pretpostavkama: da je uzorak uzet u najpogodniji čas, odnosno da nije uzet prerano. Ukoliko se uzorak uzme prerano, a osoba je inficirana, test će biti lažno negativan. Potrebno je vremena da se u našim ćelijama replicira dovoljno virusa kako bi ga ova tehnika mogla detektovati, odnosno, iako je tehnika vrlo osetljiva, postoji jedan prag osetljivosti ispod koje ne detektuje virusni genetički materijal.

Stoga je potrebno praktično svaki dan testirati osobe u samoizolaciji koje imaju epidemiološku indikaciju - da su bile u kontaktu sa zaraženom osobom ili ako dolaze iz nekog pogođenog područja. Tek oko dva dana pre pojave prvih simptoma, PCR test može dati pozitivan rezultat, odnosno, ima dovoljno virusnog materijala za detekciju. Tada osoba postaje i infektivna za druge. Do tada, test može dati lažno negativan rezultat.

S druge strane, PCR test ne razlikuje živog od mrtvog uzročnika – ovo je test koji samo pronalazi specifične genetičke sekvence virusa. Recimo, pronađena virusna RNK na nekoj površini ne znači automatski da je ta površina zarazna tj. da je virus infektivan.

Isto tako, PCR će pokazati prisutnost virusne genetičke sekvence i kod osobe koja je prebolela COVID-19, ali to neće značiti da je osoba ponovo obolela, nego jednostavno da se u njenom organizmu još nalaze ostaci virusa koji čak i ne moraju biti infektivni. Ali, sve dok se ne pokaže negativan test, držimo da je ta osoba infektivna. Ovdje bi se radilo o lažno pozitivnom testu.

Stoga je kod interpretacije PCR testa potrebno biti oprezan, a postoji čitav niz faktora koji mogu dovesti do lažno pozitivnog ili lažno negativnog testa.

Ovo ide u prilog tome da ove testove mogu raditi samo obučene osobe te da uzorke mogu uzimati samo obučene osobe i da samo stručnjaci mogu interpretirati test te je nesprovodivo da ovakve testove rade osobe koje nemaju biološko-medicinsko znanje. (Izvor: Photo by ThisisEngineering RAEng on Unsplash)

Upišite komentar

biznis centar izrada sajtova

#GradimoDobreSajtove

Specijalna ponuda izrade sajtova za mala i srednja preduzeća.
Saznajte više
upis firme u biznisindeks

Upišite Vašu firmu
besplatno

Upišite Vašu firmu i predstavite svoje proizvode i usluge, pokrenite prodaju na internetu i unapredite poslovanje.
Upišite vašu firmu

Biznis Vesti

Najnovije vesti i informacije iz biznisa i finansija, malog i srednjeg preduzetništva, IT tehnologija, marketinga i zanimljivih oblasti za naše čitaoce.
Sadržaj

Najnovije vesti